Le parcours d’exposition permanente permet de découvrir les étapes de la carrière d’un sculpteur académique grâce aux œuvres du jurassien Jean-Joseph Perraud, prix de Rome en 1847. Les sculptures de son élève, Max Claudet, tourné vers le courant réaliste, et celles de ses contemporains, offrent un large panorama de l’art statuaire du XIXe siècle.

La collection de peintures propose des œuvres aux thématiques variées du XVIe au XIXe siècle, des écoles françaises, italiennes et nordiques. Les chefs-d’œuvre de Pieter Brueghel le Jeune et de Gustave Courbet ponctuent cette présentation.

Deux salles, dont l’espace patrimonial de l’ancienne bibliothèque, sont consacrées aux expositions temporaires, qui présentent notamment par roulement annuel les collections archéologiques et de sciences naturelles.